Dernières informations sur le coronavirus

Souches de coronavirus émergentes et patientèle vétérinaire

Mise à jour du diagnostic • Avril 2020

Un nouveau coronavirus provoque une épidémie de troubles respiratoires chez l’humain, et certains se posent la question de l'impact de ce nouveau virus, le cas échéant, pour nos amis à quatre pattes. Ce guide offre quelques informations dans le but de répondre aux questions les plus fréquentes quant au coronavirus. On comprend de mieux en mieux les coronavirus et leur mode de transmission. Pour obtenir les informations les plus récentes, nous vous conseillons de consulter les sources de références indiquées à la fin de ce document.

Le premier cas de maladie liée au coronavirus 2019 (COVID-19) a été identifié en Chine, à Wuhan, où l’épidémie a commencé. Elle est provoquée par un nouveau coronavirus appelé SARS-CoV-2. On pense que ce dernier provient à l’origine de la chauve-souris. Depuis son émergence, fin 2019, le COVID-19 s’est étendu à plusieurs régions du monde.1–3

Le virus SARS-CoV-2, responsable du COVID-19, est un coronavirus unique qui infecte les voies respiratoires humaines. Il est différent des précédents coronavirus connus pour affecter les humains ou les animaux. Les coronavirus sont une grande famille de virus constituée de plusieurs sous-groupes que l’on retrouve communément chez les humains ainsi que chez d’autres mammifères, chez les oiseaux et les reptiles.

Les coronavirus alpha et bêta (y compris ceux responsables des simples rhumes chez les humains) affectent généralement les mammifères, tandis que les coronavirus gamma et delta affectent plutôt les oiseaux et les poissons. Un grand nombre de coronavirus communs responsables de maladies chez les animaux domestiques, comme le coronavirus entérique félin, sont des alphacoronavirus. Le SARS-CoV-2, responsable des récentes épidémies de troubles respiratoires de COVID-19 chez l’humain, est un coronavirus de type bêta.

Coronavirus chez les animaux domestiques

Tandis que le COVID-19 (causé par le SARS-CoV-2) est une maladie principalement humaine, d’autres coronavirus jouent un rôle important dans l’apparition de maladies chez les animaux. Des tests IDEXX RealPCR sont disponibles pour ces infections liées aux coronavirus chez les chiens, les chats, les furets et les chevaux. Ces tests sont spécifiques à certains coronavirus vétérinaires et ne permettent pas d’identifier la présence du SARS-CoV-26. Par ailleurs, les coronavirus qu’ils détectent sont spécifiques d'espèces et n’affectent pas l’être humain.

  • Le coronavirus respiratoire canin provoque une maladie respiratoire infectieuse canine appelée trachéobronchite infectieuse. Il est l’un des agents responsables de la « toux de chenil ». Le test IDEXX RealPCR pour le coronavirus respiratoire canin est inclus dans notre bilan pour les maladies respiratoires canines (CRD).
  • Les coronavirus entériques peuvent être à l’origine d’une infection intestinale provoquant des diarrhées, plus particulièrement chez les jeunes animaux. Plusieurs infections peuvent s’avérer asymptomatiques. Les tests IDEXX RealPCR pour le coronavirus entérique canin, félin ou pour les furets sont inclus dans nos bilans RealPCR pour les diarrhées. Comme nous l’avons dit ci-dessus, ces virus sont spécifiques à une espèce. Ainsi, le coronavirus entérique canin ne peut pas affecter les félins, et inversement.
  • La péritonite infectieuse féline (PIF) est la forme mutée d’un coronavirus entérique félin qui provoque une maladie inflammatoire systémique grave et mortelle dans la plupart des cas. IDEXX propose un biotype Virus FIP RealPCR pour détecter les mutations les plus communes pouvant causer une PIF.

Coronavirus et bétail ou volaille

IDEXX propose également des tests pour de nombreux coronavirus affectant le bétail et les animaux de rente. Un coronavirus gamma, le virus de la bronchite infectieuse (IBV), peut avoir un impact économique important sur la volaille. Les coronavirus alpha peuvent causer des maladies gastro-intestinales ou respiratoires bénignes parmi le bétail, avec des symptômes similaires à ceux observés dans les cas de coronavirus canins et félins. Comme pour les tests mentionnés ci-dessus, ces tests sont spécifiques à certains coronavirus animaliers et ne permettent pas de détecter la présence du SARS-CoV-2, et les coronavirus détectés par ces tests sont spécifiques à une espèce et n’affectent pas l’être humain.

  • Le virus de la bronchite infectieuse (IBV) peut être à l’origine d’une maladie respiratoire à développement rapide chez les jeunes poussins. En outre, une poule adulte infectée peut voir sa production d’œufs réduite, avec une qualité amoindrie. Un test IDEXX ELISA est disponible pour détecter les anticorps de l’IBV.
  • Les coronavirus entériques porcins sont une famille de coronavirus qui affectent les porcs et sont à l’origine de symptômes respiratoires ou gastro-intestinaux, y compris le virus de la gastro-entérite transmissible (TGEV). Il est également possible pour un porc d’être infecté sans présenter de symptômes, ou bien des symptômes légers. Un test IDEXX RealPCR est disponible pour la TGEV.
  • Les coronavirus bovins peuvent provoquer des diarrhées chez les veaux. Ils peuvent être également à l’origine d’une dysenterie hivernale, accompagnée de diarrhées hémorragiques, de symptômes respiratoires légers et d’une production amoindrie chez le bétail adulte. Un test IDEXX ELISA est disponible pour détecter les antigènes du coronavirus dans la diarrhée des veaux.

Transmission du COVID-19 et animaux domestiques

Les principales autorités sanitaires s’accordent à dire que le COVID-19 est avant tout une maladie affectant les humains, qui se transmet entre individus à partir de gouttelettes exhalées.1-4 Une transmission secondaire est également possible en cas de contact avec une surface sur laquelle le virus est présent, notamment lorsque celle-ci est lisse, comme le plastique ou le métal.5,6 Il semblerait que les surfaces poreuses comme les vêtements et le pelage soient des vecteurs passifs peu propices à la transmission

Des études récentes réalisées ont démontré que les chats et les furets sont susceptibles d’être infectés en milieu expérimental et de transmettre le virus aux autres animaux, tandis que l’on a pu identifier une résistance générale à ce dernier chez le chien. Ceci s’explique probablement par les différences de récepteurs à l’ACE 2 entre ces espèces.7-9 Dans quelques cas isolés, on a pu identifier une zoonose inverse (lorsqu’un humain infecté contamine un animal domestique) chez les chats et les tigres.10,11 Des preuves sérologiques suggèrent que les infections asymptomatiques chez le chat sont potentiellement plus courantes que ce que l’on a pu penser initialement.12 L’infection chez le chat et le furet est souvent subclinique, mais peut être présente et s’accompagner de signes cliniques respiratoires légers, de fièvre et, dans certains cas, de troubles gastro-intestinaux. Chez ces espèces hôtes non primaires, l’infection semble plus courte dans le temps que chez l’humain. Bien que des zoonoses inverses passagères aient été rapportées de manière sporadique chez des chiens vivant avec des personnes atteintes du COVID-19, aucun signe clinique n’a été signalé chez eux.10,13 Les données disponibles laissent supposer que les animaux domestiques ne peuvent pas transmettre le COVID-19 aux humains.1-4

La compréhension du mode de transmission du SARS-CoV-2 et du COVID-19 évolue rapidement. 

Conception d’un test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) 

Les Laboratoires de référence IDEXX ont développé un test PCR en temps réel pour détecter la présence du SARS-CoV-2 grâce aux séquences génétiques publiées du virus, issues des données fournies par l’épidémie chez les humains. Le Test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) cible le même gène de nucléocapside que les tests des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC), mais a été adapté de sorte à pouvoir être utilisé sur les animaux. Celui-ci a été soigneusement conçu pour éviter toute réactivité croisée avec les autres coronavirus animaux. Des études de spécificité ont confirmé qu’il n’y a aucune réactivité croisée entre ce nouveau test par PCR et les autres coronavirus animaux qui affectent communément les animaux domestiques. De même, il a été démontré que les tests RealPCR disponibles actuellement pour ces coronavirus animaux n’étaient pas en mesure de détecter l’acide nucléique du SARS-CoV-2. 

Pendant la validation initiale de quatre semaines dont le nouveau Test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) a fait l’objet, IDEXX a traité plus de 3500 échantillons canins, félins et équins envoyés pour bilan respiratoire RealPCR. Les échantillons ont été analysés au moyen de trois tests parallèles fournis par les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC). Un sous-ensemble d’échantillons de selles soumis pour bilans diarrhéiques RealPCR a également été analysé dans le cadre de l’étude sur la réactivité croisée. Ces échantillons provenaient des États-Unis et de Corée du Sud. Le dépistage a été étendu dès la mi-mars au Canada et à l’Europe, dans des zones où la population était fortement touchée par le COVID-19.

Quand recourir au Test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19)

À l’heure actuelle, les experts ne recommandent pas de procéder au dépistage du SARS-CoV-2 chez les animaux tant que cela n’a pas été recommandé par une autorité sanitaire. Dépister les animaux symptomatiques dans les foyers touchés par le COVID-19 n’est pas toujours indiqué étant donné que les signes cliniques, lorsqu’il y en a, sont potentiellement légers et passagers, et que la démarche thérapeutique et hygiénique reste la même. Il est possible d’envisager le recours au Test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) lorsque l’on recherche une maladie respiratoire chez un chat ou un furet et que les infections respiratoires les plus communes ont été écartées. Il est également recommandé de consulter une autorité sanitaire locale avant de considérer un test COVID-19. Les tests devraient être réservés aux animaux dont l’exposition au COVID-19 est confirmée ou fortement suspectée. Pour les chats présentant des symptômes respiratoires, il convient d’envisager un bilan par RealPCR des maladies félines des voies respiratoires supérieures avant tout test du SARS-CoV-2, même si l’animal vit dans un foyer touché par le COVID-19. 

Quand est-il indiqué de réaliser un test du COVID-19 sur un animal domestique ?

Le patient présente-t-il des troubles respiratoires ou d’autres signes cliniques évocateurs du COVID-19 ?

Non

Test COVID-19 inutile

Oui

Réaliser un test afin de pouvoir exclure les autres agents pathogènes communs responsables de maladies respiratoires :

Bilan Coryza et Oculaire (chat) (PCR)

Bilan Maladies Respiratoires canines (Toux de chenil) (PCR)

Non

A-t-on essayé de détecter des pathogènes respiratoires courants chez le patient ?

Oui

A-t-on trouvé quelque chose lors du bilan respiratoire par RealPCR ?

Non

Le patient a-t-il été exposé au COVID-19 (humain infecté dans le foyer par exemple) ?

Non

Test COVID-19 inutile

Oui

Oui

Test COVID-19 inutile

Test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19)

Instructions relatives au prélèvement d’échantillons pour le test du SARS-CoV-2

Nous vous recommandons de consulter un vétérinaire ou le laboratoire pour obtenir les dernières consignes de sécurité encadrant le prélèvement d’échantillons avant de procéder au test du SARS-CoV-2 sur un animal domestique. L’utilisation d’équipements de protection individuelle (EPI) comprenant gants, masque, blouse et protection oculaire est recommandée pour le prélèvement d’échantillons sur un animal suspecté d’avoir été infecté par le SARS-CoV-2.

Le tableau clinique et l’objet du test déterminent le type d’échantillon nécessaire. 

  • Pour les symptômes/signes cliniques respiratoires : écouvillonnage du fond du pharynx (avec matière organique visible ; frotter vigoureusement) et conjonctival (bien nettoyer l’œil, frotter l’intérieur de la paupière). Si le patient est docile, vous pouvez également y ajouter un écouvillonnage de la partie caudale de la cavité nasale. Prière d’envoyer des prélèvements secs, réalisés avec un écouvillon en plastique, sans milieu de transport; à conserver au réfrigérateur avant envoi. 
  • Pour les symptômes/signes cliniques gastro-intestinaux : 3 à 5 g (1 g minimum) de selles fraîches dans un récipient stérile et écouvillonnage du fond du pharynx (avec matière organique visible ; frotter vigoureusement) et conjonctival (bien nettoyer l’œil, frotter l’intérieur de la paupière). Mettre les deux écouvillons. Prière d’envoyer des prélèvements secs, réalisés avec un écouvillon en plastique, sans milieu de transport; à conserver au réfrigérateur avant envoi.
  • Aucun signe clinique distinct (p. ex. enquêtes de santé publique) : 3 à 5 g (1 g minimum) de selles fraîches dans un récipient stérile et écouvillonnage du fond du pharynx (avec matière organique visible ; frotter vigoureusement), écouvillonnage conjonctival (bien nettoyer l’œil, frotter l’intérieur de la paupière) et écouvillonnage de la partie caudale de la cavité nasale dans le même tube.

Gestion des animaux domestiques positifs au SARS-CoV-2

Le COVID-19 est une maladie à déclaration obligatoire au niveau international. Si un cas positif au SARS-CoV-2 est identifié, l’équipe IDEXX RealPCR fournira les informations essentielles (en fonction des lois applicables) aux autorités sanitaires et/ou vétérinaires. En France, il n'y a pas de statut à déclaration obligatoire pour les carnivores domestiques à ce jour. Les Tests RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) positifs feront l’objet d’une communication à l'ANSES.

Les résultats positifs d’un test par PCR réalisé sur un animal vivant avec des personnes atteintes du COVID-19 peuvent s’expliquer par une zoonose inverse du propriétaire infecté (ou d’un autre humain infecté) vers l’animal ou d’une contamination environnementale. Il est crucial d’interpréter ces résultats en fonction de l’historique médical, des signes cliniques et du résultat des tests de dépistage des pathogènes vétérinaires communs. 

Il convient de traiter les symptômes des animaux infectés en fonction de leurs signes cliniques et de réaliser un suivi afin de détecter tout indice suggérant une complication secondaire (infection bactérienne p. ex.) Si les symptômes respiratoires sont relativement légers et qu’une hospitalisation n’est donc pas nécessaire, il est recommandé d’isoler l’animal à la maison avec son propriétaire. Si, dans le foyer, personne n’a été déclaré positif au COVID-19, il est recommandé de consulter une autorité sanitaire afin de déterminer la meilleure façon de réaliser un test sur les humains dudit foyer et de gérer l’animal infecté. Il convient également d’envisager un nouveau test RealPCR au bout d’une à deux semaines pour confirmer que l’animal n’est plus positif avant de déclarer le foyer sain ou de permettre à l’animal de fréquenter d’autres animaux sains (notamment d’autres chats ou furets). 

Le Test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) est positif

L’animal a-t-il besoin d’être hospitalisé ?

Oui

Prodiguer des soins en salle d’isolement afin d’éviter de contaminer d’autres patients non exposés

Non

Une ou plusieurs personnes au sein du foyer ont-elles déjà contracté le COVID-19 ?

Oui

Prodiguer des soins à la maison avec le propriétaire, garder l’animal domestique à l’intérieur et l’isoler des animaux vierges de tout traitement, se laver les mains avant et après toute manipulation de l’animal

Traiter les symptômes ; suivre le patient afin de détecter toute complication secondaire

Envisager un test de suivi par PCR 14 jours plus tard ; envoyer un frottis du fond du pharynx ainsi que des selles fraîches

Autoriser l’animal à retourner à ses activités habituelles au minimum 14 jours après la disparition des signes cliniques et/ou après avoir obtenu un résultat négatif au test de suivi par PCR

Non

La source de l’exposition est-elle vraisemblablement externe au foyer ? (p. ex. adoption récente, chat d’intérieur/d’extérieur, des séjours en pension)

Oui

Consulter les autorités sanitaires locales ; l’estimation des risques dans le but de déterminer s’il faut isoler l’animal à la maison ou en clinique vétérinaire peut dépendre de plusieurs facteurs tels que :

  • Le temps que l’animal a passé dans le foyer depuis l’exposition
  • L’exposition d’autres humains ou animaux à une source suspectée d’être infectée
  • La présence d’animaux ou d’humains immunodéprimés ou à haut risque au sein du foyer

Non

Un ou plusieurs humains du foyer sont susceptibles d’avoir contracté une infection subclinique ; consulter les autorités sanitaires locales afin de déterminer les étapes suivantes, le cas échéant, pour dépister ces personnes

Prévention de l’infection par le COVID-19

Les recommandations pour prévenir la diffusion du COVID-19 consistent principalement à prévenir l’exposition. Il s’agit notamment de limiter les contacts physiques avec les personnes malades, limiter les voyages et éviter de se rendre à des rassemblements trop importants, se laver les mains régulièrement et se couvrir la bouche et le visage lorsque l’on tousse ou éternue.1, 2

Il n’existe pour l’instant aucun traitement antiviral qui soit efficace contre le COVID-19. De même, aucun vaccin n’est encore disponible à la commercialisation pour prévenir l’infection des humains ou des animaux par le SARS-CoV-2.

Bien que les zoonoses inverses (de l’humain vers l’animal) donnant lieu à des maladies cliniques sont considérées comme rares, dès lors qu’une personne est diagnostiquée positive au COVID-19, l’AVMA, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies et d’autres autorités sanitaires partout dans le monde recommandent de limiter le contact avec les animaux domestiques par mesure de précaution. Si possible, un autre membre de la famille ou un autre résident du foyer devrait s’occuper de l’animal au quotidien.

Ressources supplémentaires

Pour obtenir les dernières informations concernant l’épidémie de COVID-19 et des ressources utiles sur la prévention et le contrôle de cette maladie, consultez les sites Web suivants :

Informations pour la commande

Noms et références des tests

Référence du test : COVIDP

Test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19)

Référence du test : COVIDPFU

Test complémentaire IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19)

Complétez (ou vient en complément de) un ancien test ou bilan RealPCR

 

Avant de réaliser un test SARS-CoV-2 (COVID-19), il convient d’écarter les autres agents pathogènes communs responsables de maladies respiratoires au moyen de tests appropriés


Bilan Coryza et Oculaire (chat) (PCR)

Chlamydia felis, Herpès virus félin 1 (quantitatif), Calicivirus félin, Mycoplasma felis,
Bordetella bronchiseptica

Code: POAK

 

Bilan Maladies Respiratoires canines (Toux de chenil) (PCR)

Adenovirus canin type 2, Paramyxovirus canin (Maladie de Carré), Herpès virus canin type 1
(CHV-1), Parainfluenzavirus canin type 3, Influenzavirus canin, Coronavirus respiratoire canin,
Bordetella bronchiseptica

Code: POAHUK

 

Merci de suivre les consignes standard d’envoi de prélèvements.
Placez les échantillons SARS CoV-2 dans une enveloppe verte distincte et écrivez en majuscule « CV » directement sur les deux côtés de l’enveloppe à l’aide d’un marqueur indélébile.

Critères propres aux échantillons

Ecouvillonnage du fond du pharynx (avec matière organique visible ; frotter vigoureusement) et conjonctival (bien nettoyer l’œil, frotter l’intérieur de la paupière). Prière d’envoyer des prélèvements secs, réalisés avec un écouvillon en plastique, sans milieu de transport; à conserver au réfrigérateur avant envoi. 

Échantillons supplémentaires pour le Test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) : si le patient est docile, il est possible d’y ajouter un écouvillonnage de la partie caudale de la cavité nasale. S’il présente également des symptômes gastro-intestinaux, ajouter 3 à 5 g (1 g minimum) de selles fraîches dans un tube stérile.

Service et assistance

Délai de traitement

3 à 5 jours pour les résultats préliminaires ; compter plus de temps pour la confirmation de résultats positifs au SARS-CoV-2 par PCR.

Service Clients

IDEXX est là pour accompagner votre cabinet grâce à son service clientèle, son assistance technique et son équipe de consultation médicale comptant des vétérinaires spécialisés dans l’aide au diagnostic et des experts certifiés.

01 73 431 333

Références

  1. Centers for Disease Control and Prevention. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). www.cdc.gov/COVID19. Accessed April 16, 2020.
  2. World Health Organization. Coronavirus disease (COVID-19) outbreak. www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019. Accessed April 16, 2020.
  3. American Veterinary Medical Association. COVID-19: What veterinarians need to know. www.avma.org/coronavirus. Accessed April 16, 2020.
  4. World Small Animal Veterinary Association (WSAVA). The new coronavirus and companion animals—advice for WSAVA members. www.wsava.org/news/highlighted-news/the-new-coronavirus-and-companion-animals-advice-for-wsava-members. Accessed April 16, 2020.
  5. Ong SWX, Tan YK, Chia PY, et al. Air, surface environmental, and personal protective equipment contamination by serve acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) from a symptomatic patient [published online ahead of print March 4, 2020]. JAMA. 2020;e203227. doi:10.1001/jama.2020.3227
  6. van Doremalen N, Bushmaker Y, Morris DH, et al. Aerosol and surface stability of SARS-COV-2 as compared with SARS-CoV-1. N Engl J Med2020;382(16):1564–1567. doi:10.1056/NEJMc2004973
  7. Wan Y, Shang J, Graham R, Baric RS, Li F. Receptor recognition by the novel coronavirus from Wuhan: An analysis based on decade-long structural studies of SARS coronavirus. J Virol. 2020;94(7):e00127-20. doi:10.1128/JVI.00127-20
  8. Shi J, Wen Z, Zhong G, et al.  Susceptibility of ferrets, cats, dogs and other domesticated animals to SARS-coronavirus 2. Science. 2020;eabb7015. doi:10.1126/science.abb7015
  9. Kim Y, Kim SG, Kim SM, et al. Infection and rapid transmission of SARS-CoV-2 in ferrets [published online ahead of print April 5, 2020]. Cell Host Microbe. 2020;S1931-3128(20)30187-6. doi:10.1016/j.chom.2020.03.023
  10. Questions and answers on the 2019 coronavirus disease (COVID-19): Surveillance and events in animals. World Organisation for Animal Health (OIE) website. www.oie.int/en/scientific-expertise/specific-information-and-recommendations/questions-and-answers-on-2019novel-coronavirus. Updated April 9, 2020. Accessed April 16, 2020.
  11. USDA statement on the confirmation of COVID-19 in a tiger in New York. USDA Animal and Plant Health Inspection Service website. www.aphis.usda.gov/aphis/newsroom/news/sa_by_date/sa-2020/ny-zoo-covid-19. Updated April 6, 2020. Accessed April 16, 2020.
  12. Zhang Q, Zhang H, Huang K, et al. SARS-CoV-2 neutralizing serum antibodies in cats: a serological investigation [preprint]. doi:10.1101/2020.04.01.021196
  13. Low-level of infection with COVID-19 in pet dog [news release]. Hong Kong: Government of the Hong Kong Special Administrative Region; March 4, 2020. www.info.gov.hk/gia/general/202003/04/P2020030400658.htm. Accessed April 16, 2020.
  14. COVID-19 RealPCR Validation Studies: sequence blast analyses and cross-reactivity studies. March 2020. Data on file at IDEXX Laboratories, Inc. Westbrook, Maine USA.

 

Les tests de PCR sont un service fourni en vertu d’une entente avec Roche Molecular Systems, Inc.